dsh-bio-genie

dsh-bio-genie 是面向 DeepSeek Harness（dsh）的生物信息学「许愿式分析」插件，已发布为 npm 包 @dsh-bio/dsh-bio-genie。用户用自然语言描述生物学分析需求，由 dsh agent 借助 57 个语义化工具与 bio_python 执行器（可运行任意 Biopython 代码）完成分析，并附带 50 个 skill、bio-genie 智能体预设，以及零安装在 $DSH_HOME/dsh-bio-genie/ 下自举私有 Python 环境的引导流程。

• 许愿式分析：用自然语言描述生物学分析需求，由 dsh agent 自动完成分析
• 57 个语义化工具：GC 含量、翻译、限制酶、k-mer、序列读写、BLAST、多序列比对、建树、Entrez、富集、PubMed、UniProt、质粒、RNA 折叠、单细胞 QC 等
• bio_python 执行器可运行任意 Biopython 程序覆盖长尾需求，另有 bio_env、bio_log、bio_memory 元工具
• 随插件打包 50 个 skill：17 个领域配方、5 个研究方法、协议模板与 agent 使用指南
• 零安装自举隔离 Python 环境（uv、venv、Biopython 绘图栈），位于 $DSH_HOME/dsh-bio-genie/
• uv、CPython、PyPI 下载失败时自动切换国内镜像，uv 二进制做 SHA256 校验
• 自愈执行（ACR）：bio_python 失败返回 needs_repair 与 stderr，最多自动修复重试 3 次
• postinstall 安装 bio-genie dsh 智能体预设；执行日志为 JSONL 并 30 天轮转清理